İmrahor Camii, Doğu Roma döneminde yapılmış İstanbul'da ayakta kalan en eski dinî yapıdır. Doğu Konsülü Studios tarafından bugünkü Yedikule'de 454 yılında kurulan Studios Manastırı'nın bir parçası olan Aya İoannes Prodomos (Vaftizci Yahya) kilisesidir. Latin istilası sırasında harap olan manastır ve kilise 1293'te tamir edilmiştir. Osmanlı padişahı II. Bayezid döneminde 1470 yılında İmrahor İlyas Bey tarafından camiye çevrilmiştir.
Osmanlı döneminde şehrin en büyük camilerinden biri olarak hizmet vermiştir. 1782 yangınında hasar gören cami, 1804 yılında Sultan III. Selim’in hazinedar ustalarından Nazperver Usta tarafından tamir ettirilmiştir. 1820 yılında da Mimarbaşı Mehmet Rasim tarafından tekrar onarılmıştır. 1894 depreminde hasar görmüş ve çürüyen çatısı 1909’da çökünce yapı harabe haline gelmiştir. Bir asırdır metruk halde bulunmaktadır.
Derneğimiz'ce (İSTED) 2014 yılından bu yana yapılan girişimler sonucu, Vakıflar Genel Müdürlüğü 2018 yılı yatırım planına alınmış olup ihyası beklenmektedir.