Fatih ilçesi, Kocamustafapaşa, Cevdetpaşa Caddesi, Seyyid Ömer Sokağında 1490 Tarihinde Seyyid Ömer bin Fahrettin tarafından yaptırılmıştır. Seyyid Efendi İstanbul’un fethi sırasında görev almıştır. Daha sonra Sultan II. Beyazıd döneminde sarayın arpa eminliğini yapmıştır. Camii zaman içinde bakımsızlıktan harabeye dönmüştür. İki üç defa tamirat edilmesine rağmen camii 1950’li yıllarda yıkılarak yeniden inşa edilmiştir. Buna rağmen 1995 yıllarında camii yeniden betonarme olarak inşa edilmiştir. Camii bir avlu içinde inşa edilmiştir.
Fatih Belediyesi tarafından yapılan envanter bilgileri taranarak Camii’nin dönemine uygun yeniden ihya edilebilmesi için proje çalışmaları devam etmektedir.