Sekbanbaşı Camii, Unkapanı’ndan çıkarken sağ tarafta Gazanfer Ağa Medresesinin az aşağısındaki yapı adasında bulunuyordu.
İstanbul’un fethinin arkasından şehitlerden Sekbanbaşı İbrahim Ağa adına Camii inşa edilmiştir.
Ayvansaraylı Hüseyin Efendi Hadîka adlı eserinde Sekbanbaşı’nın şehit oluş tarihini 902 (1496/97) olarak verir ve kabrinin mihrab önünde bulunduğunu da bildirir.
Sekbanbaşı Camii İstanbul’un büyük yangınlarından birinde 19. yüzyılın ilk yarısında harap olmuştu. Kapı üzerinde duran Sultan Mahmud tuğrasının altında 14 mısralık manzum bir kitabede Camii'nin harap bir halde dururken Sultan II. Mahmud’un ikballerinden Sultan Aziz’in annesi Pertevniyal Sultan tarafından 1254 (1838) tarihinde tamir ve ihya ettirildiği bildiriliyordu: “ …Hemen bu cami kalmış gerçi viran ve harab ancak/ Nasib oldu bunun ihyası ber tâb hulûsane / ki oldur mader Sultan Abdülaziz efendinin/ Muvaffak oldu hakka ”Pertevniyal” Hanım bu ihsâne..”
İstanbul’da büyük değişiklikler yapılırken 1940 yıllarında Unkapanı’ndan Yenikapı’ya uzanan geniş bir bulvar açılması da kararlaştırılmıştı. Şehircilik uzmanı Henri Prost, Atatürk Bulvarı adı verilen bu caddenin şehrin Marmara kıyısında tasarlanan merkezinin Beyoğlu semtine bu cadde ile bağlanmasını düşünmüştü…Bulvar açılırken iki tarafındaki eski eserlerden birçoğu yol üzerine isabet etmemelerine rağmen, ileride arsalarını satıp gelir sağlamak düşüncesiyle yıktırıldılar. Bunlardan biri de Sekbanbaşı İbrahim Ağa Camii oldu.
Eser 1943′de yıktırıldığında burada bulunan mezar taşları gibi, daha birçok parçalar ile birlikte Pertevniyal Sultan’ın adını veren 14 mısralık kitabe de bilinmeyen bir yere götürülmüştü.